Målene for den natur- og miljømæssige tilstand i vandløb, søer og kystvande fastsættes i de statslige vandområdeplaner. Kommunernes planlægning må ikke være i strid med vandområdeplanerne.
Statens første generation af vandplaner blev vedtaget i 2014. Vandplaner for første planperiode er blevet afløst af vandområdeplaner for henholdsvis anden planperiode (2015-2021) og tredje planperiode (2021-2027). Kommunerne er forpligtet til at gennemføre konkrete indsatser, således at miljømålene for vandområderne kan opfyldes.
Ud over at alle målsatte vandløb skal opfylde et givent miljømål, er mange vandløb og vandhuller i kommunen udpeget som beskyttede i henhold til naturbeskyttelseslovens § 3.
Denne beskyttelse indebærer, at der ikke uden dispensation må foretages ændringer i tilstanden af disse vandløb og vandhuller ud over sædvanlig vedligeholdelse. Der må således ikke foretages en række indgreb såsom:
- Rørlægning
- Etablering af markvejsoverkørsler
- Uddybning af vandløbsbunden
- Opgravning eller omlejring af grus, sten, tørv, ler og andet oprindeligt bundmateriale
- Afgravning af brinker
- Opstemning mv.
- Regulering af vandløb (omlægning/flytning/uddybning m.m.)
Rørlægning og regulering af vandløb kræver desuden tilladelse efter vandløbsloven. Ifølge vandløbslovens formålsparagraf (§1), skal kommunens administration af vandløbene ske under hensyntagen til både afvandingsmæssige og miljømæssige interesser.