I Norddjurs Kommune er der mange naturområder af både national og international interesse. De er beskyttede ved lov og indgår i kommunens samlede grønne struktur, hvor skovarealer, vådområder, landbrug og kyst spiller en hovedrolle. Kommunen vil arbejde for at skabe større sammenhænge mellem natur som helhed i Norddjurs.
Kommuneplanens udpegede naturområder, vandhuller og vandløb er beskyttet efter naturbeskyttelseslovens § 3. Kommunen har udarbejdet Naturkvalitetsplan 2017, som fastsætter målsætninger og rammer for områderne. Naturkvalitetsplan 2017 er udgangspunktet for Norddjurs Kommunes administration og naturpleje.
Kommuneplanens udpegning af potentielle naturområder udgøres af arealer, der grænser op til naturområder af særlig stor kvalitet og/eller vigtighed. De potentielle naturområder kan for eksempel være mindre dyrkningsegnede jorder, som helt kan udgå af landbrugsdriften, eller arealer, der kan overgå til ekstensiv drift som for eksempel græsning. De kan også blive en del af et vådområde. Naturkvalitetsplan 2017 indeholder en vurdering af naturpotentialet i disse områder.
Kommuneplanens udpegning af et sammenhængende net – de såkaldte økologiske forbindelseslinjer – viser sammenhængen mellem de vigtige levesteder på tværs af landskabet. Forbindelseslinjerne kan være vildtstriber, læhegn, vandløb og andre strukturer.
I EU's habitatdirektiv er der udpeget Natura 2000-områder, der indeholder levesteder for dyr og planter, hvis beskyttelse er af international betydning. Statens Natura 2000-planer og kommunens Natura 2000-handleplaner skal sikre "gunstig bevaringsstatus" for de arter og naturtyper, som Natura 2000-områderne er udpeget til at beskytte. Kommunens Natura 2000-handleplaner findes på kommunens hjemmeside.
EU har også besluttet, at en lang række dyre- og plantearter skal have en særlig beskyttelse. Disse arter fremgår af habitatdirektivets bilag IV (udtales bilag 4). Arterne findes overalt både i og uden for beskyttede naturområder og er underlagt en streng beskyttelse.