Fannerup ligger ved Kolindsunds nordkanal i den sydøstlige del af kommunen og består primært af cirka 40 boliger og gårde med omkring 110 indbyggere. I byens østlige udkant er der et nedlagt dambrug, hvor ørreddammene fremstår som søer.
Byen rummer Fannerup Mølle, som ligger på nordsiden af Kolindsund. Møllen består af et grundmuret stuehus og en møllebygning i bindingsværk. Bygningen betragtes som bevaringsværdigt kulturmiljø.
Planlægningsmæssige forhold
Fannerup er en afgrænset landzonelandsby. Inden for landsbyafgrænsningen er der mulighed for at opføre enkelte nye boliger og etablere småerhverv, som kan indpasses i byen. Dog under forudsætning af, at der ikke opstår konflikter mellem boligerne og eventuelle aktive landbrug.
Ved opførelse af nybyggeri samt om- og tilbygninger skal der tages videst mulige hensyn til eksisterende landsbykvaliteter, herunder beplantning, fællesarealer, vejenes forløb og udformning samt lokale byggetraditioner.