Bønnerup by ligger syd for Bønnerup Strand og vest for sommerhusområdet ved Bønnerup Strand. Sydøst for byen er et lokalplanlagt område til jordbrugsparceller, som kun delvist er bebygget.
Bønnerup by har ca. 50 indbyggere, og byens bebyggelser består af enfamiliehuse og gårde, primært centreret omkring den gennemgående vej.
Planlægningsmæssige forhold
Bønnerup by er en afgrænset landzonelandsby. Inden for landsbyafgrænsningen er der mulighed for at opføre enkelte nye boliger og etablere småerhverv, som kan indpasses i byen. Dog under forudsætning af, at der ikke opstår konflikter mellem boligerne og eventuelle aktive landbrug.
Ved opførelse af nybyggeri samt om- og tilbygninger skal der tages videst mulige hensyn til eksisterende landsbykvaliteter, herunder beplantning, fællesarealer, vejenes forløb og udformning samt lokale byggetraditioner.